Uniwersytet Jagielloński to najstarsza polska uczelnia, powołana przez króla Kazimierza Wielkiego aktem erekcyjnym z 12 maja 1364 roku. Swoją działalność rozpoczęła w 1367 roku, jako Studium Generale, oferując naukę na trzech wydziałach: sztuk wyzwolonych (jedna katedra), medycyny (dwie katedry) i prawa (3 katedry prawa kanonicznego i 5 prawa rzymskiego). Król Kazimierz Wielki nie uzyskał zgody Papieża Urbana V na uruchomienie najbardziej prestiżowego wówczas wydziału teologicznego. Uczelnia utworzona została według wzoru włoskiego: stanowiła korporację studencką, której rektora wybierali żacy spośród siebie. Studenci mieszkali w kwaterach prywatnych. Pierwsza bursa, zwana później Bursą Jagiellońską, powstała dopiero w 1409 r. na rogu ulic Gołębiej i Wiślnej. Ufundował ją dla studentów z Litwy i Rusi Jan Isner, pierwszy profesor teologii.

Prawdopodobnie pierwsze wykłady miały miejsce na Wawelu. Król Kazimierz Wielki planował budowę siedziby dla uniwersytetu na Kazimierzu. Wszelkie plany przerwała jednak nieoczekiwanie, w 1370 roku, śmierć króla. Jego następca, Ludwik Węgierski, nie dbał o sprawy uczelni, stąd właściwie jej działalność zakończyła się wraz ze śmiercią Kazimierza Wielkiego. Dopiero królowa Jadwiga z Andegawenów i król Władysław Jagiełło, doprowadzili do odnowienia Uniwersytetu. Dzięki nim prowadził - wprawdzie bardzo ograniczoną - działalność w roku 1390 i 1392, później zaś, zapisane w testamencie (1399 r.) na rzecz rozwoju uczelni przez Królową Jadwigę klejnoty, umożliwiły odnowienie uniwersytetu w nowym, pełnym już kształcie, tj. z czterema wydziałami typowymi dla średniowiecznych uniwersytetów. Udało się bowiem, jeszcze w 1397 r., uzyskać zgodę papieża Bonifacego IX na otwarcie czwartego wydziału - teologicznego, będącego wówczas dla każdego z profesorów ukoronowaniem kariery naukowej. W ten sposób na fundamentach Studium Generale powstała Wszechnica Jagiellońska. Jej uroczyste otwarcie nastąpiło 26 lipca 1400 roku. Pierwsze wykłady odbyły się w tym dniu, w zakupionej specjalnie dla potrzeb uczelni, od rodziny Pęchęrzów z Rzeszotar, obszernej kamienicy u zbiegu ulic św. Anny i Jagiellońskiej, obecne Collegium Maius. Fragment autentycznego muru tego domu pochodzącego z około 1300 roku można oglądać do dziś w podziemiach Collegium Maius.

Król Władysław Jagiełło odszedł od zastosowanego przez Kazimierza Wielkiego włoskiego modelu korporacyjnego, jako wzorcowego systemu organizacyjnego uczelni. Przyjął model paryski, zgodnie z którym już nie student miał być rektorem uczelni. Pierwszym rektorem odnowionej uczelni został w 1400 roku Stanisław ze Skalbmierza (rok urodzenia nieznany - zmarł w 1431 r), uważany za jednego z twórców nowoczesnego prawa międzynarodowego. Ponadto studenci mieli mieszkać w specjalnych bursach, które planowano wybudować.

Z uniwersytetem tamtych czasów związane były tej miary postaci jak Paweł Włodkowic, Marcin Bylica, Jan z Głogowa, Maciej Miechowita, i wielu innych, zaliczanych do czołówki najświatlejszych umysłów ówczesnej Europy. Tu powstawały pierwsze prace naukowe, porządkujące choćby ortografię polską, pióra Jakuba Parkosza z Żurawicy, a do najznamienitszych wychowanków należał Mikołaj Kopernik. Jego pomnik, odsłonięty w 1900 r. na dziedzińcu Collegium Maius, obecnie stoi przy Plantach, przed Collegium Witkowskiego, przeniesiony w to miejsce w 1953 roku. 



Krakowianie nie pamiętają już ukutej w tamtych czasach złośliwej dykteryjki:

Wstrzymał Słońce, ruszył Ziemię,
Polskie wydało go plemię.
A Estreicher z dziekanami
Wstawili go pod krzakami... 



Wśród najbardziej znanych budynków uniwersyteckich warto wymienić - poza Collegium Maius (do połowy XV w. nazywanym Kolegium Królewskim lub Jagiellońskim), Collegium Iuridicum (ufundowane dla prawników w 1403 r.), Collegium Minus (powstałe w 1449, przeznaczone dla młodszych profesorów wydziału sztuk wyzwolonych), nieistniejące już dziś kolegia Medicinae i Novum (przy ul. Brackiej), Kolegium Nowodworskiego (z 1643 r.), neogotyckie kolegia Novum (powstałe w miejscu starej Bursy Jeruzalem z 1454 r.) i Witkowskiego. W otwarciu Collegium Nowodworskiego uczestniczył uczeń uniwersyteckiej szkoły średniej, późniejszy król polski - Jan Sobieski. Trzy wieki później - w 1939 r. - na dziedzińcu tegoż budynku debiutował jako aktor przed krakowską publicznością student polonistyki UJ, 19-letni Karol Wojtyła, później pracownik naukowy UJ, w końcu - jako papież Jan Paweł II - doktor honoris causa wszechnauk UJ. 



Dokumentowaniem dziejów uniwersytetu zajmuje się powołane przez prof. Karola Estreichera (1906-1984) Muzeum UJ mieszczące się w Collegium Maius. Bogate zbiory tego muzeum, to często unikatowe eksponaty: cenne astrolabia (przyrządy astronomiczne używane do XVIII wieku w celu wyznaczania położenia ciał w sferze niebieskiej), globusy i zegary słoneczne (w tym tzw. Globus Jagielloński z ok. 1510 roku z zaznaczonym po raz pierwszy kontynentem odkrytej Ameryki, czy instrumentarium Marcina Bylicy - globus nieba z astrolabium i dwoma zegarami słonecznymi), lunety, pompy próżniowe, mikroskopy, bogata galeria portretów profesorów i darczyńców Uniwersytetu, pamiątki po wielkich Polakach.

Pamiętając o roli królowej Jadwigi i króla Władysława Jagiełły, podkreślając ich znaczenie dla uniwersytetu, w 1818 roku oficjalnie nadano uczelni nową nazwę, Uniwersytet Jagielloński. 



W 1964 r. Uniwersytet Jagielloński obchodził 600-lecie swego istnienia. Jubileusz ten zbiegł się z rozbudową uczelni. Instytuty Fizyki i Matematyki, Zoologii i Geologii otrzymały nową siedzibę, a dzięki zapisowi w testamencie Ignacego Jana Paderewskiego udało się zebrać część środków z tantiemów z tytułu praw autorskich wielkiego artysty i wybudowano Collegium Paderevianum, w którym zlokalizowano instytuty języków nowożytnych. 




Uroczystości Jubileuszu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego, trwały dwa lata, a ich apogeum przypadło na rok 2000. Przy tej okazji doprowadzono do rozbudowy kolejnych uniwersyteckich obiektów, które możemy dziś podziwiać w pełnej okazałości - nowe skrzydło gmachu Biblioteki Jagiellońskiej (powierzchnia 15.400m2), campus uniwersytecki w Pychowicach, czy otwarte w 2005 roku Auditorium Maximum - usytuowane tuż za Collegium Paderevianum