W 1915 nastąpiło połączenie Krakowa z Podgórzem  miastem założonym w 1784 na przeciwległym brzegu Wisły. W dwudziestoleciu międzywojennym, tuż po odzyskaniu niepodległości, polskie władze centralne uznały wawelski zamek za gmach reprezentacyjny Rzeczypospolitej, oddany do użytku Naczelnika Państwa, a następnie dla Prezydenta RP – uchwałą Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z 1921 r., zespół urbanistyczny na Wawelu stał się jedną z oficjalnych Rezydencji Prezydenta Polski. Do dzisiaj zachował się apartament Prezydenta RP Ignacego Mościckiego.
Wojska niemieckie zajęły miasto 6 dni po rozpoczęciu  II wojny światowej. W czasie  okupacji hitlerowskiej (1939 -1945) funkcjonowało ono jako stolica  Generalnego Gubernatorstwa. Okupant niemiecki zamknął w getcie, a następnie wymordował żydowską ludność miasta (przed wojną Żydzi stanowili 25% wszystkich mieszkańców, po wojnie – niewiele ponad 2%. Wywieziono do  Niemiec wiele dzieł sztuki, z których duża część nie powróciła do kraju. Kraków odniósł niewielkie straty podczas bombardowania miasta przez lotnictwo Armii Czerwonej. 18 stycznia 1945 wojska 1 Frontu Ukraińskiego pod dowództwem marszałka Iwana Koniewa wyzwoliły i ocaliły większą część miasta. Kraków był jedynym większym polskim miastem, które nie odniosło podczas wojny większych strat substancji materialnej, zaś w 1945 roku był najludniejszym miastem w Polsce.

W okresie powojennym miał miejsce silny rozwój terytorialny i ludnościowy miasta. W 1951 przyłączono do Krakowa Nową Hutę, która według pierwotnych planów miała stanowić oddzielne miasto. Do dzisiaj jednym z historycznych miejsc w tej dzielnicy jest Plac Ratuszowy, gdzie w zamysłach budowniczych "socjalistycznego miasta" miała zostać wzniesiona ta instytucja. Od 1 stycznia 1957 do 31 maja 1975 miasto Kraków stanowiło oddzielne samodzielne województwo.

Obecnie Kraków jest jednym z najpopularniejszych miejsc na świecie. W  czerwcu 2007 r Kraków obchodził 750 rocznicę lokacji miasta.

Pomimo coraz większej kosmopolityzacji, pozostaje nadal depozytariuszem polskiego godła. Jako jedyne miasto w Polsce ma prawo używać w herbie godła Państwa Polskiego. Taka możliwość, według symboliki heraldycznej, przysługuje jedynie miastom stołecznym.