Po Unii polsko - litewskiej i powstaniu Rzeczpospolitej Obojga Narodów Kraków znalazł się na uboczu wielkiego państwa. Sejmy i elekcje nowych monarchów odbywały się pod Warszawą, położoną mniej więcej w połowie drogi między stolicami Korony i Litwy. Od 1596 rozpoczął się proces przenoszenia dworu królewskiego Zygmunta III Wazy z Krakowa do Warszawy, zakończony ok. 1611 r. Nie miał miejsca jednakże akt formalnego przeniesienia stolicy. Katedra na Wawelu pozostała miejscem koronacji oraz pochówku królów Polski, zaś Kraków – stołecznym i królewskim miastem. Nawet w czasach późniejszych wezyr turecki Kara Mustafa, pisał w korespondencji do związanego z Wilanowem Jana III Sobieskiego: "zniszczę Twój Kraków...".

Wraz z upadkiem Rzeczypospolitej rozpoczął się upadek Krakowa. Zniszczenia wojenne mocno nadszarpnęły pozycję miasta i zahamowały jego rozwój. Po raz pierwszy Kraków został  zniszczony przez obce wojska w 1656, podczas  " potopu szwedzkiego " (przedmieścia ucierpiały jednak mocno już w 1587, podczas próby zdobycia miasta przez arcyksięcia  Maksymiliana Habsburga. W latach 1656 - 1657 miało miejsce kolejne oblężenie miasta, bronionego wówczas przez Szwedów.

W XIIIw. Kraków był zdobywany przez wojska pruskie, szwedzkie, austriackie i rosyjskie.  24 marca 1794r na Rynku Krakowskim przysięgę Narodowi złożył naczelnik  Tadeusz Kościuszko rozpoczynając tym samympowstanie. Po III Rozbiorze Polski Kraków zajęli Austriacy.  Aleksander Rożniecki  – dowódca kawalerii uczestnicząc w wojnie austriacko - polskiej, począwszy od Raszyna, z oddziałem – forpocztą, dotarł do Krakowa 14 lipca 1809r. (dzień przed ks. Poniatowskim) i przełamał ostatni opór Austriaków przed zwycięskim wkroczeniem księcia. 14 października 1809r., na mocy traktatu z  Schonbruun , Kraków i Podgórze zostały przyłączone do Księstwa Warszawskiego jako stolica departamentu. W latach 1815 -1846 stanowił stolicę niewielkiego powierzchniowo, formalnie niepodległego państwa – rzeczpospolitej krakowskiej. W tym okresie rozpoczęła się gruntowna modernizacja i przebudowa miasta, które wciąż tkwiło w średniowiecznym układzie urbanistycznym. Zburzono większość murów miejskich, zasypano fose, na miejscu której powstał park – Planty. Po powstaniu krakowskim, zorganizowanym przeciwko dominacji austriackiej, miasto zostało w 1846r r. zaanektowane przez Austrię, w której granicach pozostawało aż do 1918r. Nazwę Rzeczpospolita Krakowska zastąpiono nową: Wielkie Królestwo Krakowskie. Odtąd cesarz austriacki używał tytułu Wielki Książę Krakowa.

W 1850r wielki pożar zniszczył ok. 10% powierzchni miasta.