W podziemiach Katedry, w Krypcie św. Leonarda, 2 listopada 1946 r. ks. Karol Wojtyła odprawił swoją pierwszą mszę św., m.in. w intencji swych zmarłych rodziców i brata. W uroczystość św. Wacława, patrona Katedry, 28 września 1958 r., ks. Karol Wojtyła został konsekrowany na biskupa. Jako motto na swoim herbie wybrał łacińskie słowa Totus Tuus [Cały Twój]. Będąc Następcą św. Piotra w Rzymie Jan Paweł II przybywał do Katedry w latach: 1979, 1983, 1987, 1991, 1997, 1999 i w 2002. 



Podczas swojej pierwszej pielgrzymki do Ojczyzny, w 900. rocznicę męczeńskiej śmierci św. Stanisława, modlił się przy jego grobie, a osiem lat później - sprawował Najświętszą Ofiarę przy łaskami słynącym Krzyżu Królowej Jadwigi - a w sierpniu 2002 r. przed konfesją św. Stanisława odmówił modlitwę brewiarzową.