Położony przy skrzyżowaniu ulic Św. Marka i Sławkowskiej. Kościół ufundował w 1263 r. książę krakowski Bolesław Wstydliwy dla sprowadzonych z Pragi zakonników reguły św. Augustyna, w Polsce zwanych Markami (od imienia patrona) lub Rogaczami (od kształtu noszonych kapeluszy). Budowa kościoła trwała od 2 połowy XIII do 2 połowy XV w. W XVI i XVII w. gotycki kościół rozbudowano, od strony południowej dostawiono wieżę - dzwonnicę, kruchtę i dwie kaplice: św. Zofii i Matki Boskiej Pocieszenia. Przebudowano obiekty klasztorne. Około 1621 r. przekształcono trójnawowy halowy korpus kościoła, nad obniżonymi nawami bocznymi utworzono galerie.
Na początku XIX w. klasztor z kościołem przejął rząd austriacki i w 1807 r. przekazał go księżom emerytom przeniesionym tutaj ze szpitala św. Ducha. W latach 1894 - 1896 kościół odnowiono staraniem rektora Domu Księży Emerytów księdza Wawrzyńca Centta, z funduszów Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej. Część klasztoru w latach trzydziestych XX w. zburzono i przebudowano na sklepy od strony ulicy Sławkowskiej.
Ołtarz główny w kościele wykonał około 1618 r. warsztat krakowskiego snycerza Baltazara Kuncza. W polu środkowym ołtarza zwraca uwagę XV - wieczna rzeźba Ukrzyżowanego Chrystusa, która według legendy miała przemówić do Michała Giedroycia. Czyny i pobożność tego zakonnika, żyjącego w XV w., rozsławiły krakowski konwent Marków. W kościele znajduje się jego nagrobek (pocz. XVII w.) oraz tak zwane Giedroycianum - sanktuarium gromadzące pamiątki po zakonniku. Piękną rzeźbę Michała Archanioła ze smokiem wykonał artysta z kręgu znakomitego rzeźbiarza Baltazara Fontany. Do rzadkości należy rokokowa ambona z 2 połowy XVIII w. w kształcie godła zakonu Marków - serce z krzyżem unoszone przez anioła.