W średniowiecznym Krakowie, podobnie jak w innych ówczesnych stolicach istniały menażarie i zwierzyńce królewskie.
Pierwsze archiwalne wzmianki dotyczące dzikich zwierząt hodowanych w Krakowie pochodzą z 1406 roku, kiedy to sprowadzono parę lwów z Florencji.
Pierwszym ZOO w Krakowie był mały zwierzyniec, który powstał w 1895 roku w Parku Krakowskim. Po kilku latach został zlikwidowany. 



Zanim powstało Krakowskie ZOO w Lesie Wolskim, od roku 1925 istniała tu tzw. Bażantarnia. Zgodnie z nazwą, była to hodowla bażantów, przy której jakiś czas trzymano także inne zwierzęta.
Idea utworzenia ogrodu zoologicznego zrodziła się w 1927 roku. Miejsce pod przyszłe ZOO wybrano na polanie w środkowej części Lasu Wolskiego, na wzniesieniu /345 m n.p.m./. W roku następnym przygotowano teren, zbudowano klatki i woliery, w których umieszczono pierwszych skrzydlatych i czworonożnych mieszkańców.



Ogród Zoologiczny otwarto uroczyście 6 lipca 1929 roku w obecności Prezydenta Rzeczypospolitej Ignacego Mościckiego. W dniu otwarcia zwierzostan liczył 94 sztuki ssaków, 98 sztuk ptaków i 12 sztuk gadów. Były to głównie zwierzęta fauny rodzimej, ale eksponowano również okazy tak egzotyczne jak małpy. 



W czasie II wojny światowej Krakowskie ZOO znajdowało się pod administracją niemiecką. Niektóre zwierzęta zostały przetransportowane do niemieckich ogrodów. Sześć dorosłych żubrów, które wywieziono z Lasu Wolskiego zginęło w czasie bombardowania w Berlińskim ZOO.



W 1963 roku utworzono samodzielne przedsiębiorstwo pod nazwą Miejski Park i Ogród Zoologiczny. Rozpoczął się okres rozbudowy i przebudowy ZOO. 



W roku 1975 obszar ogrodu powiększono do 15 ha. Stanowisko dyrektora objął dr Józef Skotnicki, który rozpoczął proces modernizacji wybiegów, klat i schronów dla zwierząt. Obecnie ZOO w Krakowie jest średniej wielkości ogrodem europejskim, znanym na całym świecie, uczestniczącym aktywnie w międzynarodowych programach hodowlanych. 



Kasa Zoo czynna jest codziennie od godziny 9:00 do 17:30. Bilet normalny kosztuje 12 zł, ulgowy 6 zł. Dzieci do lat 3 mają wstęp wolny. Opłata za robienie zdjęć wynosi 6 zł.